Организация и структура «Аквилон» хорошо продуманы с целью создания максимального удобства как арендаторам помещений, их сотрудникам, так и другим посетителям Центра. Каждый корпус – обособленное строение, имеющее собственный вход с улицы. Но при этом между корпусами можно перемещаться, находясь внутри Центра – по переходам, проходящим в зданиях на уровне второго этажа.