Инвестиции составили порядка 3 млрд руб. Реконструкция, которая началась в 2008 году, проведена с сохранением исторически сложившегося архитектурного облика.
Вокзал оснащён средствами контроля и досмотра, реконструированы кассы дальнего следования, санитарные комнаты, установлены автоматические камеры хранения багажа и ручной клади, обустроен фуд-корт и торговые зоны. На привокзальной территории появились парковки на 246 машино-мест.
Работы планировалось закончить к концу 2012 г., однако сроки сдвинулись из-за проблем с фундаментом здания вокзала - оказалось, что у вокзала его по большому счёту нет, и фундамент пришлось восстанавливать.
Бюст Владимира Ленина, возвышавшийся на постаменте в главном зале Ленинградского вокзала, перенесут в музей Московской железной дороги. На месте же бюста теперь располагается вход на второй этаж, созданный в рамках работ по реконструкции комплекса.